У 2001 р. була проведена реорганізація державного підприємста Міністерства оборони України ФК «ЦСКА-Київ». По закінченні першого кола чемпіонату України з футболу 2001-02, яке ЦСКА закінчив на 9 сходинці, Київська міська рада за пропозицією міського голови Олександра Омельченка прийняла рішення від 18 грудня 2001 року про заснування ТОВ «ФК «Арсенал» Київ». У статутному фонді внесок територіальної громади міста Києва склав 80%. Решта 20% належали дрібним власникам, часткою яких опікувалась компанія Kiev Donbass. Проте як юридична особа саме ЦСКА залишався учасником вищої ліги. Лише після особистої зустрічі Олександра Омельченка та президента ЦСКА Олександра Данильчука у лютому 2002 року, була досягнута домовленість про виступ «Арсеналу» у вищій лізі на правах правонаступника армійської команди.
Перша емблема клубу до певної міри нагадує логотип ЦСКА. За основу був взятий щит, традиційний для європейської футбольної символіки та команд НХЛ, в який вставлене стилізоване зображення п'ятипроменевої зірки (запозичення з емблеми ЦСКА). Одночасно зірка виступала як зображення літери «А» — першої букви слова «Арсенал». Під зіркою розміщювався каштановий лист — один із традиційних символів Києва. Проте така емблема проіснувала лише рік.