23 червня 2006 р. під час церемонії випуску в Мукачівському ліцеї з посиленою військово-фізичною підготовкою було вручено Прапор ліцею.

Мукачівський ліцей став першим серед військових ліцеїв України, який офіційно затвердив свою символіку у складі: Прапор, емблему, нагрудний знак та форму одягу ліцеїстів.
Символіка ліцею була розроблена за ініціативи начальника ліцею полковника О. О. Гальченка з наданням допомоги Українським геральдичного товариства.